Вероятнее всего так и будет. Но стоит заметить, что там есть одна полезная опция. Если нажать на папку с юзерконфигом правой кнопкой мышки и выбрать Hide extra local content, то другие конфиги, которые не относятся к нашим серверам исключатся из списка обновлений.